质谱组学赋能转化医学与药物开发前沿论坛成功举办

　　2023年3月29日，质谱组学赋能转化医学与药物开发前沿论坛在上海张江成功举办。本次论坛由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）、中国科学院上海药物研究所、国家转化医学中心（上海）质谱平台、布鲁克（北京）科技有限公司主办，上海市生物医药行业协会、上海市浦东新区生物产业行业协会、上海张江生物医药基地开发有限公司作为支持单位。论坛围绕复杂疾病发生发展机制、临床多组学研究及转化应用，邀请国内多位临床专家、质谱组学应用科学家和行业专家分享最新技术进展、临床应用及药物开发研究。

会议现场

韩峻松 博士

生物芯片上海国家工程研究中心专职副主任、上海生物芯片有限公司常务副总经理致欢迎辞

　　韩峻松博士表示近三年来，疫情给大家带来了很多改变，人们对于健康的关注度越来越高，这推动了各种组学的研究不断发展。在各类组学的发展过程中，质谱发挥了重要的作用。本次质谱组学赋能转化医学与药物开发前沿论坛的展开，主要目的在于探讨和研究如何利用质谱技术来寻找合适的靶点，为转化医学和药物开发作出前沿探索，并利用质谱技术找到的靶点来真正的转化医学和药物开发。韩峻松博士希望借助本次论坛能够传播前沿技术进展，促进行业交流，并预祝论坛取得圆满成功。

陆豪杰教授　复旦大学

报告题目：蛋白质多修饰组学临床应用展望

　　近年来，临床蛋白质组学已被证实在疾病的早期诊断、预后和病情发展监测中发挥重要作用，对翻译后修饰的研究旨在超越基因组、转录组所注释的范围，对实际执行功能的蛋白质进行分析。蛋白质组学在科学研究方面具有发现功能性修饰、发现药物靶点，研究药物脱靶、研究病原感染机制等优势。报告介绍了超滤辅助样品制备和非标记定量发现心血管并发症的糖化蛋白标志物、乳腺癌细胞MCF-7 HNE修饰组、蛋白质棕榈酰化修饰(Palmitoylation, S-acylation)、猪精子细胞膜蛋白N-糖链鉴定等相关研究。

黄超兰教授　北京协和医院医学科学研究中心

报告题目：Frontier Omics Technology Advances the Development of Biological and Translational Research

　　报告介绍了发现阶段特异性生物标志物以揭示HepB肝病的进展机制，并指出高质量的QC数据是验证和转换成功的关键。通过综合多组学建模，集成了不同类型的数据，发现了具有特定功能的阶段特异性生物标志物：Fibrosis（纤维化）、HCC2（肝癌早期）、LC2（重度肝硬化）、HCC1（肝癌早早期）、HCC4（肝癌晚期）、HCC3（肝癌中期）、LC1（轻度肝硬化）和CHB（慢性乙肝）。这一技术将药物开发进程由10-17年缩短至3-5年。

印彤博士 研究员　上海交通大学医学院附属瑞金医院，国家转化医学中心（上海）质谱平台负责人

报告题目：蛋白组学在转化医学研究中的应用

　　转化医学核心是在实验室与临床之间架起双向快速通道，实验室研究的成果能迅速有效的应用到临床；而临床的需求又能及时反馈到实验室，进行更深入的研究。研究内容涉及生物标志物的发现与应用，疾病的分子分型与个体化治疗；疾病的治疗监测和预后的评估；探索肠道代谢产物在肿瘤免疫治疗中的作用及靶点药物开发等。

　　报告介绍了临床大队列蛋白质研究方案：临床需求、样本采集、样本前处理、非靶向蛋白组学/靶向蛋白组学、蛋白质鉴定、数据深度分析、功能研究与验证，并介绍了胰腺癌蛋白组和磷酸化蛋白组研究、急性髓细胞白血病(AML)的蛋白组研究、血栓前期患者的血浆蛋白组研究等实际案例。

江一舟教授　复旦大学附属肿瘤医院乳腺外科,副主任医师，研究员，博导，复旦大学附属肿瘤医院学科办主任

报告题目：三阴性乳腺癌的复旦分型和精准治疗

　　乳腺癌是女性发病率最高的恶性肿瘤，中国年发病率增速全球第一。三阴性乳腺癌恶性程度最高，治疗效果不佳，如何改善三阴性乳腺癌疗效成为临床难题。

　　报告介绍了江一舟团队建立与临床疗效密切相关的TNBC四分型体系，明确各分型的特异靶标，提出了分子分型基础上的TNBC精准治疗策略。在临床转化方面，研究团队开发临床实用的分型试剂盒，授权发明ZL并转化，完成>3000例分型检测，其中“无药可用”患者有效率29.0%，免疫治疗组有效率52.6%。数据表明“复旦分型”指导的精准治疗显著改善难治性三阴性乳腺癌疗效但仍有完善提升空间。未来江一舟团队将持续丰富组学层次，拓展精准内涵，开发高效新药。

刘佳博士　教授级高级工程师，中国科学院上海药物研究所

报告题目：基于MALDI质谱专属探针和机器学习的空间代谢组学与疾病

　　报告首先介绍了基于质谱探针的代谢组学——从非靶向/靶向分析到定向分析，成熟的基于LC-MS的靶向和非靶向代谢组学工作流程为临床问题和科学问题的解答奠定了基础，代谢组学技术为阐明肠道菌群与人类健康的关系提供了依据。

　　报告指出通过LC-MS直接分析2/3-OHUFA存在标准品合成难度大、离子化效率低、同分异构体结构差异小等难点，通过建立同位素标记辅助鉴定213-0HUFA的方法，建立了对全血中硫化物和含硫基代谢物同时定性与定量的分析策略。

　　报告还介绍了机器学习赋能质谱分析：从“人工”到“人工智能”。通过“人工智能”提出一种用户友好的可自定义的分子砌块提取方法，在LC-MS/MS检测中可快速筛查复杂基质中有质谱碎裂特征的化合物。除了特征的子离子、中性丢失以外，子离子丰度、连续的中性丢失也首次被整合定义为分子特征。通过靶向倍半萜内酯二聚体的特征，分离并鉴定了12种倍半萜内酯二聚体，其中9种为新化合物。

蒋敏 上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）服务平台部产品经理

报告题目：高通量蛋白质组学技术加速临床队列研究

　　样本是所有研究能否进行的关键，特别是稀有珍贵的临床样本，检测技术是能否实现生物标志物有效发现的重要手段。生物标志物研究中，血浆蛋白组学是主要样本载体，可用于健康及疾病评估。报告介绍了超去高峰度血样本Direct DIA蛋白质组学检测产品 (4D Super Blood dDIA)，其优势在于生物磁珠去除高峰度蛋白、4D检测降低上样量，提高检测灵敏度、采用DIA数据采集模式、机器学习算法助力生物标志物研究。

　　报告还介绍了LC-MS/MS用于酒精相关肝病的无创标志物筛选，该研究通过DIA-MS蛋白组学技术，对配对的肝脏-血浆进行蛋白质组分析来推断分子病理特征并从血浆蛋白质组结果确认诊断和预后的能力（137名对照和459名ALD患者，其中360人的活检组织进行组织学特征评估）。在血浆和肝活检组织中，代谢功能被下调，而与纤维化相关的信号传导和免疫反应被上调。通过机器学习建模筛选到的蛋白标志物panel比现有的临床方法能更准确地检测到显著纤维化和轻度炎症。

杜潇贤　布鲁克·道尔顿 蛋白质组学应用主管

报告题目：单细胞蛋白质组学助力疾病研究精细化解析

　　基于质谱的蛋白质组学已成为现代研究理解生物功能和疾病机制的主要工具。健康或疾病组织看起来是同质的，但其蛋白质组是非常不同的。破解每个细胞中的蛋白组的差异（细胞异质性）是充分理解其功能的关键。

　　单细胞蛋白质组学研究对质谱灵敏度提出了更高要求。布鲁克timsTOF SCP 采用了一个全新改进的离子源概念，结合平行积累连续碎裂（ PASEF® ）采集方法的优势，提供了极高的速度和灵敏度，以应对单细胞的蛋白组或后几个细胞的翻译后修饰的分析挑战。报告介绍了基于timsTOF SCP的布鲁克单细胞蛋白质组学分析完整流程，涵盖从单细胞分选，前处理到数据结果。

　　同时介绍了基于timsTOF SCP平台的一些前沿工作。研究人员基于timsTOF SCP平台开发的4D-LFQ单细胞蛋白质组学技术，可以准确可靠的检测单个细胞中的蛋白质组及其变化，并将蛋白质组数据与单细胞转录组数据进行对比，再次强调蛋白质组可以产生与RNA测序的补充信息。同时，介绍了一种基于超高灵敏度质谱技术的空间蛋白质组学方法—深度可视蛋白质组学 (Deep Visual Proteomics，DVP)。DVP技术可无偏向性地将细胞表型、异质性和动力学与蛋白质组水平相关联。研究者随后将DVP方法用于肿瘤临床FFPE组织样本分析，可以定义空间特征的癌组织异质性。

于亮博士，医学总监  苏州艾凯利元生物科技公司

报告题目：探索肠道代谢产物在肿瘤免疫治疗中的作用及靶点药物开发

　　免疫检查点抑制剂治疗面临的问题在于原发药物敏感性以及继发耐药。可以通过蛋白组学探索Inosine靶点，利用嘌呤代谢物靶向免疫原性调节蛋白，开发下一代肿瘤免疫治疗药物。

　　报告介绍了艾凯利元基于iPSC底层技术开发通用型细胞疗法，利用iPSC二代重编程+高效分化平台+智能细胞平台实现颠覆性创新。艾凯开发的iCam-iNKR 在患者来源肿瘤类器官展现出高效的肿瘤杀伤效力，未来将利用组学方法探索肿瘤微环境对iPSC来源免疫细胞功能和存续的影响。

圆桌讨论:
主持人:中科院上海药物研究所高级工程师刘佳;
嘉宾: 北京协和医院医学科学研究中心黄超兰教授

上海交通大学医学院附属瑞金医院印彤研究员

苏州艾凯利元生物科技公司医学总监于亮博士

在本次论坛的圆桌会议上，嘉宾们就以下问题展开了热烈讨论：

1、在组学技术应用的过程中遇到过什么样的实际挑战？

2、基于质谱的组学新技术在转化医学中的应用如何在未来推动个体化医疗的发展？是否存在某些障碍需要克服？

3、单细胞蛋白质组学技术的应用前景怎么样？

嘉宾合影

　　关于SBC

　　上海生物芯片有限公司成立于2001年8月，公司由上海科技创业投资（集团）有限公司、上海张江（集团）有限公司、中科院上海有关院所、上海交通大学等在上海的国内知名大学、研究所、医院和企业共同组建而成，经国家发展与改革委员会批准公司建设和运行“生物芯片上海国家工程研究中心”，是我国生物医药领域规模最大的生物技术国家工程研究中心之一，是全国生物样本标准化技术委员会（TC559）、中国医药生物技术协会组织生物样本库分会（BBCMBA）与中国抗癌协会肿瘤样本整合研究分会的秘书处与主任委员单位。

　　通过二十年的建设和发展，公司（中心）确立了以生物样本库、基因芯片、高通量测序、蛋白芯片、组织芯片、数字化病理、分子病理与生物信息学为核心平台的技术创新服务体系，以分子医学检测技术和分子诊断产品研发生产为核心竞争力的产业化体系，形成科研和药物研发技术服务、分子诊断产品研发生产销售和分子医学检验三大主营业务，公司（中心）具备科研及公共技术平台服务优势、成熟的科技成果转化服务能力、国家级工程研究中心品牌影响力等强大的自身资源及优势。

　　关于布鲁克

　　布鲁克公司（NASDAQ: BRKR）创立于 55年前，总部位于美国，作为全球领先的分析仪器公司之一，自成立伊始就始终坚持一个理念：针对当今的分析需求，开发最先进的技术和最全面的解决方案。今天，遍布全球九十多个地点的六千多名员工正在为这个信念努力工作。

　　作为质谱技术的领导者，布鲁克质谱部研发生产各类先进质谱系统，主要产品包括：捕集离子淌度质谱（timsTOF）、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF）、超高分辨电喷雾-四极杆-飞行时间串联质谱仪（ESI-(Q)TOF）、傅里叶变换离子回旋共振质谱（Q-q-FT-ICR）等。与此同时，我们还开发了蛋白质组学、代谢组学、生物制药、质谱成像等一系列解决方案和软件产品，广泛服务于这些领域的公司、学术研究单位和政府机构。了解更多，请关注www.bruker.com