碱基互补配对是指核酸分子中各核苷酸残基的碱基按A与T、A与U和G与C的对应关系互相以氢键相连的现象。它是沃森和克里克首先在DNA双螺旋结构模型中提出来的，后来发现，不仅在DNA复制中有这种规律，在转录过程DNA和RNA关系中也有类似的规律。
甚至单链RNA中凡在空间靠近、可以氢键互相结合的碱基，也能这样配对。所以，这个原则具有极其重要的生物学意义。复制、转录、逆转录和转译等遗传信息传递的基本生物过程都遵循这个原则。
