发布时间:2023-05-11 10:23 原文链接: 《自然》发表首个人类泛基因组草图

   当地时间5月10日,人类泛基因组参考联盟(Human Pangenome Reference Consortium)发表了首个人类泛基因组草图。相关的四篇论文均已发布,其中三篇发布在《自然》(Nature)杂志,一篇发布在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)杂志。

  该草图旨在尽可能多地描绘出最终代表整个物种的DNA(脱氧核糖核酸)序列。它从47个祖先不同的个体中开发而来,相比于此前的人类参考基因组版本(GRCh38,是一个目前被广泛使用的,用于描述人类基因组序列的标准),人类泛基因组草图增加了1.19亿个碱基对(指在DNA双螺旋结构中的两个互补配对的碱基)和1115个基因重复。相比于GRCh38,该草图能检测到结构变异基因的数量增加了104%,为更完整地描绘人类基因组的遗传多样性提供了更多支持。

  覆盖全球范围的泛基因组。

  该项研究由美国华盛顿大学医学院( University of Washington School of Medicine)、美国加利福尼亚大学(University of California)等主导。研究称,GRCh38是目前已知的人类基因组序列的一个标准版本,它由一小部分人类基因组测序数据组成,其中包含许多已知的人类基因组变异和SNP(单核苷酸多态性)信息。GRCh38是人类基因组研究的重要工具,可以用来识别、定位和注释基因,以及进行遗传变异分析和比较基因组学研究。“但是,由于人类基因组是高度复杂的,存在很大的个体差异和变异形态,因此仍需要更深入的研究和探索来完善我们对其的理解。”

  发表于《自然-生物技术》的文章《A draft human pangenome reference》表示,自20年前首次发布人类参考基因组以来,它一直是人类基因组学的支柱。但在当前的GRCh38版本中,有210 Mb(兆碱基)的DNA序列段没有被完整地测序,或无法确定其序列,其中151 Mb的区域完全未知,而59 Mb的区域是通过计算机模拟得到的预测序列。这种情况会造成相关研究的数据偏差,也意味着在人类基因图谱中,依然有很多区域是我们尚未可知。“因此,我们需要不断完善它。”