单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。其原理是将分离的单个细胞的微量全基因组DNA进行扩增,获得高覆盖率的完整的基因组后进行高通量测序用于揭示细胞群体差异和细胞进化关系。
从方法学角度来看,获得高覆盖率高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障。多重置换扩增(multiple displacement amplification,MDA)利用随机引物和等温扩增可以获得高保真的DNA大片段,但该方法的主要缺陷在于非平衡的基因组覆盖率、扩增偏倚、嵌合序列及非特异扩增等。
尽管各种改进的策略正在逐步减少这些缺陷,高覆盖率、高保真性及高特异性的扩增仍然是亟待解决的问题。另外,还有科研人员利用DOP-PCR进行全基因组扩增(whole-genomeamplification,WGA)及DNA测序对单个乳腺癌细胞进行了拷贝数变异的分析,进而推断出细胞的群体结构和肿瘤的进化过程。
但是由于该方法的基因覆盖率较低,而且不能在单个核苷酸的分辨率上评价单个肿瘤细胞的遗传学特征,故并不能检测在肿瘤发展过程中发挥重要作用的单个核苷酸的改变。2012年,哈佛大学谢晓亮院士在《Science》发表了单细胞全基因组扩增新技术MALBAC(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles,简称MALBAC),即多次退火环状循环扩增技术。
不同于以往的非线性或指数型扩增方法,MALBAC技术利用特殊引物,使得扩增子的结尾互补而成环,从而很大程度上防止了DNA的指数性扩增,从而解决了基因组扩增对微量初始模板过大的扩增偏倚,并使基因组测序的模板需求量从µg级降至单细胞水平。
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