1、卡那霉素注射制剂有引起耳毒性和肾毒性的可能，故不宜用于长程治疗(如分枝杆菌病)，通常疗程不超过14天。
2、卡那霉素注射制剂属氨基糖苷类，在儿科中应慎用，尤其早产儿及新生儿中不宜应用，因其肾脏组织尚未发育完全，故使本类药物的半衰期延长，药物可能在体内积蓄而产生毒性反应。在孕妇用药中本品属D类，即对人类有危害，但用药后可能利大于弊。
3、卡那霉素注射制剂可穿过胎盘进入胎儿组织，有引起胎儿听力损害的可能。妊娠妇女使用本品前必须充分权衡利弊。本品在乳汁中分泌量很低，但通常在用药期间仍宜暂停哺乳。
4、老年患者应用本品易引起各种毒性反应，因此有条件时应在疗程中监测血药浓度，此外老年患者的肾功能有一定程度的生理性减退，即使其肾功能测定值在正常范围内仍应采用较小治疗量。