施一公的实验室
施一公和他的研究团队在实验室
核心提示丨“这张幻灯片是最简单的,也是最难得的。”在昨天上午的施一公研究组剪接体的三维结构RNA剪接的分子结构基础重大成果发布会上,清华大学生命科学学院院长、生命科学与医学研究院院长施一公打开一张照片,如是说。
这个诞生了世界级顶尖成果的实验室,究竟有什么与众不同之处?剪接体的三维结构,是如何一步步清晰地呈现在世人面前?昨日,大河报记者实地探访施一公团队的实验室。
探访丨废寝忘食做实验,每个人都是拼命三郎
“你只要去实验室就会有人。”昨天中午12点,发布会刚结束,记者询问施一公团队的闫创业博士,实验室中午有没有人在时,他这样回答。
施一公团队的实验室,位于清华大学医学科学楼三楼。记者进入实验室时,已经是12点15分。虽然正值午饭时间,但是实验室内,仍有不少人在埋头工作。
实验室如同一个布满试管、药水瓶、白大褂的森林,让人看着眼晕。施一公说,这项成果最大的困难,是样品准备。“也就是说如何让蛋白质服服帖帖、性质稳定,成为适合结构解析的样品。”
在实验室的摇床上,养着酵母。这些酵母承担着做成冷冻样品的重任。前期样品的制备主要由杭婧和万蕊雪承担。由于经验相对缺乏、没有师兄师姐可以请教,她们只能依靠阅读大量的文献和反复进行实验来不断探索前行。到了课题的攻坚阶段,每天在实验室工作14-16小时。即便在这样的工作状态下,也没有人敢松懈。“我们都很有危机感,因为我们知道这个课题的重要性,也知道很多团队都在做,而科学上只有第一没有第二,如果我们自己不沉下心来努力,一旦别人首先发表,我们之前的工作意义就会大打折扣。”万蕊雪说。
冲刺丨最后两个月,施一公团队每天“玩命写论文”
带领他们往前冲、努力拼的正是施一公教授。时间跳转到2个月前,这项研究的最后冲刺阶段。施一公带领3个学生每天“玩命写论文”。那段时间,他们每天写论文到凌晨,有时候甚至写到早上5点。“回到家6点多,躺下睡到8点又起来接着写。”施一公说,“身体极其疲乏,但精神亢奋,睡不着。”就连在送孩子回河南老家的火车上,4个小时的车程,施一公就埋头写了4个小时。某天凌晨3点,还在办公桌前写论文的施一公忽然尾椎抽筋,一动不能动,这样的突发状况吓坏了3个学生。休息了一会缓过来后,施一公起身在办公楼里快走了好几圈,终于才渐渐恢复。
跟着施一公一起“玩命写论文”的3位学生,就是这2篇文章的共同第一作者——清华大学生命学院闫创业博士,医学院博士研究生杭婧、万蕊雪。3人中,年龄最大的闫创业今年30岁,而杭婧和万蕊雪则分别是26岁和25岁。
“我的作用,主要是带这个团队讨论问题。我是打酱油的。”施一公开玩笑说。实际上,他的刻苦,带领这个团队一直向前冲。早在研究生阶段后期,施一公的刻苦在实验室是出了名的。在纽约做博士后时期,施一公每天晚上做实验到半夜3点左右,回到住处躺下来睡觉时常常已是4点以后;第二天9点左右又会准时回到实验室。当时他住在纽约市曼哈顿区65街与第一大道路口附近,离著名的中央公园很近,那里时有文化娱乐活动,但在纽约工作整整两年,施一公从未迈进中央公园一步。
挑战丨竞争对手这么多,做不出成果怎么办?
其实,早在10多年前,施一公就曾想开展剪接体结构的研究。“回国后,实验室刚建立起来,想找一些可以很快出成果的课题让学生们做,帮助他们树立科研信心。”施一公坦言,2009年,他的课题组开始正式进入剪接体研究的核心领域。
国内外竞争对手这么多,如果这个课题做不出成果怎么办?杭婧曾有过担心和怀疑。“我们选择从小处着手,试图从解析剪接体复合物中的一些重要组成蛋白的结构开始,逐步接近目标。”杭婧说,2014年初,团队首次报道剪接体复合物中重要组成蛋白Lsm七聚体及其在RNA结合状态下的晶体结构,文章发表于《自然》,给了大家极大的信心。
“我们的成功主要有三点。一是有三个学生,技术炉火纯青。二是很有胆识,找到正确的物种来做,并在计算方式上大胆改进。三是在合适时间做。现在清华有合适的冷冻电镜。”施一公总结,而我,在关键时候做一个判断。收完样品后,我说,只要有15埃的分辨率就很好了,如果做到15埃的分辨率,就发个文章,告诉大家我们也做了几年。结果算出来竟然有3.6埃。我们在今年整个4月份里做计算,那一个月突破连连、都跟做梦似的!
机遇丨幸运之神,何以垂青施一公团队?
3.6埃的分辨率是啥概念?施一公回答:几乎看到原子。他特别提出,如果没有清华大学冷冻电镜平台,是不可能完成这项成果的。
冷冻电镜相当于一个照相机,当前面提到的冷冻样品被送到冷冻电镜时,会生成很多数据。这就相当于一个三维的东西,拿二维照相机拍很多张照片,重构出三维模型。而这个三维模型,就是剪接体的三维结构。
在生命科学领域,研究蛋白质结构有三种主要方法:X射线晶体衍射、核磁共振以及单颗粒冷冻电子显微镜(冷冻电镜)。施一公说,早在冷冻电镜技术还远未成熟的2007年,清华大学就在上述三种方法中选择了重点发展冷冻电镜技术。
“剪接体很多人想做。我1995年做博士后,一位曾经获得诺贝尔奖的科学家说,剪接体做不下去,太动态。它被称为大家都想做的‘终极课题’。”施一公说,大家都知道这些东西是核心的东西。但是剪接体不敢碰,因为手段不存在,就是没法做。很低分辨率,看得模模糊糊。“真正有胆儿做,还不行,还得时机成熟。2013年初,在世界科研科学领域,冷冻电镜技术取得突破。打个比方说,以前的照相机技术不行,照片非常模糊,有层霜。2013年,这层霜去掉了。这时候,我们的研究才突飞猛进。”
施一公说,如果没有冷冻电镜技术,就完全不可能得到剪接体近原子水平的分辨率。“如果没有冷冻电镜肯定做不到今天的结果,而当年确实没想到冷冻电镜会出现飞跃性的进展。但是你不能等到万事俱备的时候才开始,那时候黄花菜都凉了。”
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