MKK都是通过双位点，即苏氨酸（T）和酪氨酸（Y）同时磷酸化激活MAPK。这两个磷酸化位点中间被一氨基酸隔开，构成三肽基TXY。不同的MAPK亚族成员，其双磷酸化位点之间的X残基不同，但是其各个亚族都具有标准的12个保守亚区，这些亚区是区分真核细胞蛋白激酶超家族的标志之一。MAPK家族成员之间具有较高的同源性。例如，p38β、p38γ和p38δ分别与p38α具有75%、62%和64%的同源性，而与其他MAPK家族成员的同源性约为40%~50%。三肽基位于蛋白激酶地VII和VIII亚区之间的Loop12环状结构内，该环位于分子表面并临近活性位点，其中部分残基形成一种唇状结构，被称为磷酸化唇或活化唇（activation lip）。这一区域被认为是决定包括MAPK在内的多种蛋白激酶活性的关键结构。