大多数MAPK具有许多共同的特征，例如依赖于两个磷酸化事件的激活、三层通路结构和类似的底物识别位点。这些是“经典”的MAPK。但是，也有一些古老的“离群”激酶，它们不具有双重磷酸化位点，仅形成两层通路，并且缺乏其他MAPK所需的底物结合特征。这些通常被称为“非典型”MAPKs。还不清楚这些非典型MAPKs是否形成与经典MAPKs相反的独立群体。
