正确选择抗菌素是治疗支原体肺炎成败的关键。由于支原体躲在细胞内，而青霉素类及头孢霉素类药物在细胞内浓度很低，加之这两种抗菌素是通过破坏细菌的细胞壁杀灭细菌的，而支原体没有细胞壁，使得以上两种抗菌素“无能为力”。临床应用证实红霉素在细胞内浓度很高，可以杀灭支原体，但是红霉素副作用较大，近年已用阿奇霉素代替，后者作用时间长，每天只需服用一次，副作用相对较少。一般需服用2～3周药物，否则容易复发。
