随着临床级新一代测序(NGS)方法的逐渐成熟,使用组织和来自血液的ctDNA评估肿瘤患者基因改变成为可能。最近来自美国加州大学医学院的研究检测了62名晚期乳腺癌患者的ctDNA,其中38名患者还有组织的NGS测序结果。
对比这些结果发现,ctDNA的NGS检测结果中能够发现肿瘤相关的基因改变,最常见的是TP53和PIK3CA基因的改变,还会观察到EGFR的扩增。当ctDNA与组织的采集时间相差小于6个月时,两者之间的一致性更高。此外,ctDNA定量检测还能提供患者的预后信息,基因改变的程度与生存时间有关。

乳腺癌可能是最早出现“靶向”治疗的肿瘤之一,比如通过切除卵巢和药物拮抗治疗激素受体阳性的乳腺癌患者,对HER2阳性的患者使用相应的抗HER2治疗。随着越来越多肿瘤相关基因改变的发现,肿瘤的精准治疗时代渐渐到来,最近的NGS技术的出现,更是大大推动了这一进程。最近的NGS技术主要基于组织以及ctDNA,来自美国加州大学医学院的研究探索这两种技术对于乳腺癌治疗的意义。
研究纳入了62名晚期乳腺癌患者,她们之前接受治疗的中位数量为5种。62名患者有基于ctDNA的NGS检测结果,检测了54-70个不等的基因,其中38名患者还有组织NGS检测结果,检测了236-315个不等的基因。在ctDNA的检测结果中有42名患者具有特征性的改变,而组织NGS则在37名患者中检测出了有意义的改变。

ctDNA和组织NGS中检测出的肿瘤相关的基因改变
ctDNA的检测结果中,中位的有意义改变基因数量为1个(范围 0-7个),其中最为常见的是TP53(37%)和PIK3CA(23%)基因的改变。组织的检测结果中,中位的有意义改变基因数量为4个(范围 0-17个),其中最为常见的也是TP53(37%)和PIK3CA(24%)基因的改变。此外,在11%的ctDNA 患者中还检测到了EGFR基因的扩增,这一基因改变在组织的检测结果中并不存在。

组织和ctNDA的NGS检测结果稍有差异
比较ctDNA以及组织NGS的检测结果发现,当两个样本的采集、分离时间小于6个月时,两者之间的一致性会更好。ctDNA能够检测到48%在组织中检测到的改变,而在组织中则能检测到ctDNA中48%的改变。在排除了ER和ERBB2 改变,仅考虑其他具有可能临床意义的改变时,两者结果之间的重叠比例可以达到66%和95%。研究人员认为两种检测方法之间的差异可能与取样的时间间隔以及肿瘤异质性有关。

ctDNA定量分析能够提供患者的预后信息
进一步的研究考虑到了ctDNA的定量检测结果。分析发现,如果ctDNA的检测结果中基因改变的较多的患者往往预后会更差。具体而言,对于存在大于1个基因改变占ctDNA>5%的患者而言,其生存期就会较基因改变占ctDNA<5%的患者明显缩短(6.7月 vs 17.9月; P=0.01)。
研究人员认为,这两种技术能够提供互补的结果并对患者的预后有一定的提示作用。接下去应该开展前瞻性的队列研究对比两种技术的检测结果并评估它们对于患者预后的影响,从而为乳腺癌的患者的治疗决策提供更多有效的信息。
在近日一项发表于《自然》的研究中,科学家绘制出迄今最详尽的人类活细胞内DNA折叠、环状缠绕和移动的图谱,展示了基因组结构随时间推移的变化情况,揭示了隐藏的基因调控机制,是了解DNA结构如何塑造人类生物......
近日,哈尔滨工程大学教授杨飘萍团队在肿瘤治疗领域取得新突破。团队将晶界工程调控的铁电催化与超声触发的原位过氧化氢生成相结合,实现了肿瘤微环境中氧化应激的显著放大与高效抑瘤效果。相关成果发表在《细胞·生......
近日,四川大学华西医院泌尿外科教授杨璐团队以创新性视角系统梳理肠道菌群代谢物在肿瘤免疫调控中的作用机制,首次提出“代谢物–免疫通路–肿瘤”的整合框架。该研究为寻找新的免疫调节靶点、设计代谢物导向的联合......
图基于卷对卷流体的新一代快速低成本基因测序技术在国家自然科学基金项目(批准号:22027805、22334004、22421002)等资助下,福州大学杨黄浩、陈秋水团队与华大生命科学研究院秦彦哲、章文......
组织机构ORGANIZATION ▶▶▶指导单位:国家卫生健康委员会主办单位:广州市人民政府广州市卫生健康委员会联合主办:广东省医疗保障局广东省药品监督管理局广东省医院协会广州市医院协会支持......
近日,一项发表于《分子精神病学》的研究发现,单个基因GRIN2A可直接导致精神疾病。而此前的研究认为,精神疾病是由许多基因共同作用所致。根据世界卫生组织(WHO)数据,2021年全球每7人中就有1人患......
你是否会因花粉而喷嚏不断,或是困扰于海鲜导致的红肿瘙痒?科学家们则敏锐地捕捉到了这类过敏反应中的玄机,并尝试把这种过度的免疫响应转化为对抗肿瘤的新利器。装载溶瘤细胞的肥大细胞。(浙大供图)近日,浙江大......
图乳腺癌HER2状态及新辅助疗效预测的多模态影像模型在国家自然科学基金项目(批准号:82001986、82360345、82441023)等资助下,上海科技大学沈定刚教授、昆明医科大学李振辉教授、香港......
荷兰乌得勒支大学研究人员开发出一款全新荧光传感器,可在活细胞乃至活体生物中实时监测DNA损伤及修复过程,为癌症研究、药物安全测试和衰老生物学等领域提供了重要的新工具。相关成果发表于新一期《自然·通讯》......
三维基因组互作与表观遗传修饰是基因表达调控的重要因素,其动态变化与细胞生长发育及癌症等疾病的发生发展密切相关。解析染色质在活细胞内的时空动态,是理解基因调控机制的重要科学问题。现有基于CRISPR-C......