流式细胞仪在使用前，甚至在使用过程中都要精心进行调试，以保证工作的可靠性和佳性。调试的项目主要是激光强度、液流速度和测量区的光路等。
激光强度:除调整反射镜的角度以调整到所需波长的激光出光外，还要结合显示屏上的光谱曲线使激光的强度输出为大。
液流速度:可通过操作台数字显示监督，调节 气体压力大小以获得稳定的液流速度。
测量区光路调节 :这是调试工作的关键。需要保证在测量区的液流、激光束、90散射测量光电系统垂直正交，而且交点较小。一般可在用标准荧光微球等校准中完成。
流式细胞术中所测得的量是相对值，因此需要在使用前或使用中对系统进行校准或标定，这样才能通过相对测量获得的意义。
因而FCM中的校准具有双重功能:仪器的准直调整和定量标度。标准样品应该稳定，有形成份形状应是大小比较一致球形，样品分散性能良好，且经济、容易获得。
常用标准荧光微球作为非生物学标准样品，鸡血红细胞做为生物学标准样品。微球用树脂材料制作，或标有荧光素，或不标记荧光素。
所用的鸡血红细胞标准样品制作过程昭下:取3.8%枸橼酸或肝素抗凝的鸡血(抗凝剂:鸡血=1:4)，经PBS清洗3次，再用5~10ml的1.0%戊二醛与清洗后的鸡红细胞混合，室温下振荡醛化24h，后经PBS再清洗，贮4℃冰箱中备用。需要指出的是因为未经荧光染色，所测光信号为鸡血红蛋白的自发荧光。
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