二代测序技术为什么可以分析表达谱变化

表达谱的变化的主要研究方法有3种

1. Q-PCR   基于内参基因的表达 来定量你关注的基因的表达量（通过荧光信号强度判别）

2. 芯片    分为2种，第一种基于基因3‘UTR  进行杂交  通过信号判别基因的表达量，第二种在基因的所有区域都设计探针，基于杂交 判别基因表达量（这种更准确，因为基于3’UTR可能因为3‘UTR区域的缺失造成基因表达量计算降低。

3. 二代测序  其实二代测序和芯片第二种差不多，因为二代测序会测到很多reads，基于mapping到基因上的reads数目，来计算该基因的表达量，也就说基因表达量越高，那么在该基因上的reads数目也就越多，由于测序的样本间的数据量可能不一样且基因的长短也不一样（越长测到的reads数目应该更多），一般引入一个概念FPKM- Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped，即将基因长度均一化到1000bp将测序reads数目均一化到1M个。

从原理上可以看出两种方法：1，基于内参基因的表达量，来判别关注基因的表达量   2.基于多杂交数目或测序read均一化计算关注基因的表达量。  

在最近的nature biotech上发现两种分析方法分析结果是一致的，且芯片和二代测序结果也是一致的。

这就是二代测序分析基因表达谱的原理，还有其可靠性的相关介绍。