（一)相关分析常用参数
在估计某一基因座位与疾病相关时，有几个常用术语，如相对危险率与归因危险、于此略予介绍。
a和b分别代表患有某种疾病已检出和未检出某种抗原的人数；c和d分别代表正常对照（末患该病)检出某种抗原和末检出某种抗原的人数；n为调查总数，表示样本的大小。然后按X公式计算：
X2=（│a·d-│b·c│-n/2)2·n/(a+c)·(b+d)·(a+b)·(c+d)
根据所得的X2值然后从X2表中求出P值。若P<0.05则认为是差异显著。
如果抗原与疾病有关，则进一步计算它们关联的程度。通常用相对危险度（relative risk)RR值来表示，RR值越大表示相关程度越大。
RR=α·d/b·c
另一种RR（relative risk)值计算公式是：
RR=Fp(1-Fc)/Fc(1-Fp)
Fp为病人抗原频率，Fc为该地区正常对照人群中的抗原频率RR值表示某一特定HLA抗原和疾病之间的相关强度，即具有该HLA抗原的个体较缺乏这一抗原的个体易产生这种疾病的可能性。
RR=1时，无区别
RR>4时，相关较为肯定
RR<1时，表明有抵抗基因，是一种保护而不是易感
2.归因危险 另一个公式称归因危险（attributable risk)，又叫病因系数（etiologic factor),表示群体中病人组中有百分之多少归因于HLA：
归因危险=B（R-1)/[B（R-1)+1]
B为患者人群的百分率；R为相对危险率。如强直性脊椎炎的归因危险为0.89即患该病人群中有89%是与HLA-B27抗原相关。