细胞谱系（cell lineage）是指卵裂球从第一次卵裂时起，直到最终分化为组织和器官细胞时为止的发育史。许多动物受精卵的分裂按严格的格式进行。在此过程中各分裂球生成的迟早、顺序和所在空间位置都有规定。
从这些动物受精卵的卵裂开始，按裂球的世代、位置和特征给予系统的符号和名称，借以表明它们彼此之间和前后代裂球之间的相互关系。这种细胞间在发育中世代相承的亲缘关系犹如人类家族的谱系，故称为细胞谱系。
细胞谱系的研究对于了解卵质不均等分布和裂球发育命运的关系，以及比较不同种类动物早期发育之间的演化关系，都有重要作用。
