发布时间:2024-07-15 13:18 原文链接: 介绍一下ImmuneCellAtlas数据集的构建过程

构建 Immune Cell Atlas 数据集通常涉及以下主要步骤: 

 1. 样本采集:从不同个体、组织和疾病状态中收集免疫细胞样本。这可能包括健康人的外周血、淋巴组织,以及患有免疫相关疾病患者的病变组织等。 

 2. 单细胞分离:使用特定的技术,如流式细胞术或微流控技术,将单个免疫细胞从组织或细胞混合物中分离出来,以确保每个细胞的独立性。 

 3. 文库制备:对分离出的单细胞进行 RNA 提取,并通过反转录将 RNA 转化为 cDNA。然后,添加特定的接头和引物,构建测序文库。 

 4. 单细胞测序:采用高通量测序技术,如单细胞 RNA 测序(scRNA-seq),对每个细胞的基因表达进行测序。 

 5. 数据质量控制:对测序得到的原始数据进行质量评估,去除低质量的读段、检测和纠正错误,以确保数据的准确性和可靠性。 

 6. 数据预处理:包括基因表达定量、数据标准化、去除批次效应等,以减少实验和技术因素带来的偏差。 

 7. 细胞注释:根据基因表达特征和已知的免疫细胞标志物,对每个单细胞进行类型和状态的注释,确定其所属的免疫细胞亚型。 

 8. 数据整合与存储:将处理和注释好的数据进行整合,并存储在数据库中,形成 Immune Cell Atlas 数据集,以便后续的分析和共享。 

 9. 持续更新与完善:随着新的样本和数据的加入,不断更新和完善数据集,以提高其覆盖范围和代表性。 整个构建过程需要多学科的专业知识和技术,包括免疫学、分子生物学、生物信息学等,以确保数据集的质量和科学性。

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