从修饰肽序列中判定修饰肽的溶解性方法

1.非HPLC纯化的修饰肽中有哪些杂质?
答：粗品和脱盐级别的修饰肽中修饰肽和非修饰肽类杂质：如非全长修饰肽和修饰肽后处理的一些原料如DTT、TFA等。

2.HPLC纯化的修饰肽有哪些杂质?
答：经过HPLC纯化的修饰肽，仍会有一些一些杂质存在，其中的杂质主要是短肽和微量TFA。

3.多长的修饰肽为合适?
答：修饰肽合成需要考虑修饰肽的长度，电荷，亲疏水性等因素。长度越长，合成粗品的纯度和产率都随着降低，纯化的难度和无法合成的几率就会大些。当然修饰肽功能区的序列是无法改变的，但是为了修饰肽的顺利合成，有时不得不在功能取的上下游增加一些辅助氨基酸，以改善修饰肽的溶解性和亲疏水性。如果修饰肽太短，合成也可能有问题，主要问题是合成的修饰肽在后处理过程中有一定的难度，5肽以下的修饰肽，一般要有疏水的氨基酸，否则后处理难度加大。15个氨基酸残基以下的修饰肽一般都可以得到满意的产率和得率。

4.如何从修饰肽序列中判定修饰肽的溶解性?
(1)修饰肽中如果含有高比例的疏水性很强的氨基酸如和Leu,Val,IIe,Met,Phe和Trp，修饰肽很难溶解与水性溶液中或根本不可能溶解。这些氨基酸无论是纯化或合成，都有可能有问题。
(2)一般情况下疏水性氨基酸的比例<50%，不能连续5个连续aa为疏水性，带电荷的氨基酸的(正电荷K,R,H,N-terminus,负电荷D,E,C- terminus)的比例达到20%，在修饰肽的N或C短如果能增加极性氨基酸，也可以改善溶解性。

5.为什么含有Cys,Met,或Trp的修饰肽难合成?
答：含有Cys,Met，或Trp的修饰肽难以合成，同时难以获得高纯度的产品。主要因为这些基团不稳定，易氧化。这些修饰肽的使用和储存都需要特别注意，避免反复开启盖子。

6.为什么有些修饰肽的合成产率或纯度会比较低?
答：修饰肽合成与引子合成有比较大的区别，不能合成的引子很少，但是不能合成的修饰肽经常有。如Val,Ile,Tyr,Phe,Trp,Leu,Gln,和Thr这些氨基酸比邻或重复时，修饰肽链在合成过程中不能完全舒展溶解，合成效率下降。以下几种情形，合成效率和产物的纯度都比较低，如：重复Pro,Ser-Ser，重复Asp，4个连续Gly等。

7.修饰肽是如何纯化的?
答：修饰肽纯化一般使用反相柱(如C8，C18等)，214nm。缓冲体系通常为含TFA的溶剂，pH2.0。Buffer A为含0.1%TFA in ddH2O，Buffer B为1%TFA/ACN/pH2.0。纯化前用Buffer A溶解；如果溶解不好，用Buffer B溶解后，然后用Buffer A稀释；对疏水性强的修饰肽，有时还需要加入少量的Formic Acid或醋酸。