伏立康唑抑制细胞色素P450同工酶的活性，包括CYP2C19,CYP2C9和CYP3A4。因此本品可能会使那些通过CYP45O同工酶代谢的药物血浓度增高。
特非那定、阿司咪唑、西沙必利、匹莫齐特和奎尼丁（CYP3A4底物）：尽管未经研究，伏立康唑禁止与特非那定、阿司咪唑、西沙必利、匹莫齐特或奎尼丁合用。因为本品可使上述药物的血药浓度增高，从而导致Q-T间期延长，并且偶可发生尖端扭转性室性心动过速(参见【禁忌】)。
西罗莫司(CYP3A4 底物)：与伏立康唑合用时西罗莫司(单剂2g)的Cmax和AUCτ分别增高556%和1014%。因此禁止这两种药物合用(参见【禁忌】)。
麦角生物碱（CYP3A4底物）：虽然未经研究，麦角生物碱（麦角胺和二氢麦角胺）与伏立康唑合用时血药浓度可能增高，从而发生麦角中毒。因此禁止伏立康唑与麦角生物碱合用(参见【禁忌】)。
环孢素（CYP3A4底物）：在病情稳定的肾移植患者中，伏立康唑可使环孢素的Cmax和AUCτ至少分别增高13%和70%。当已经接受环孢素治疗的患者开始应用本品时，建议其环孢素的剂量减半，并严密监测环孢素的血药浓度。环孢素浓度的增高可引起肾毒性。停用本品后仍需严密监测环孢素的浓度，如有需要可增大环孢素的剂量。
他克莫司(CYP3A4底物)：与伏立康唑合用时他克莫司（单剂0.1mg/kg）的Cmax和AUCτ分别增高117%和221%。当已经接受他克莫司治疗的患者开始使用本品治疗时，建议他克莫司的剂量减至原来剂量的1/3，并严密监测血浓度。他克莫司浓度增高可引起肾毒性。停用本品后仍需严密监测他克莫司的浓度，如有需要可增大他克莫司剂量。