潜伏期10天左右，其长短与感染菌量有关，食物型暴发流行可短至48小时，而水源性暴发流行时间可长达30天。典型的伤寒自然病程为时约4周，可分为4期：
1.初期
相当于病程第1周，起病大多缓慢，发热是最早出现的症状，常伴有全身不适，乏力，食欲减退，咽痛与咳嗽等。病情逐渐加重，体温呈阶梯形上升，于5～7天内达39～40℃，发热前可有畏寒而少寒战，退热时出汗不显著。
2.极期
相当于病程第2～3周，常有伤寒的典型表现，有助于诊断。
3.缓解期
相当于病程第3～4周，人体对伤寒杆菌的抵抗力逐渐增强，体温出现波动并开始下降，食欲逐渐好转，腹胀逐渐消失，脾大开始回缩。但本期内有发生肠出血或肠穿孔的危险，需特别提高警惕。
4.恢复期
病程第4周末开始，体温恢复正常，食欲好转，一般在1个月左右完全恢复健康。