严重肝或肾功能受损者、长期治疗者、治疗前检查有恶性病症警告者应慎用；怀孕妇女及哺乳期妇女应禁用。出现任何警示症状（如明显的体重减少，复发性呕吐，咽下困难，呕血或黑便）时，应排除恶性病症（如癌症）的可能，否则因治疗可使症状恶化及延误诊断。长期使用依索拉唑者应定期进行监测。另外，对苯并咪唑类药物过敏者禁用依索拉唑。罕见的遗传性果糖不耐受者，葡萄糖-半乳糖吸收障碍者、蔗糖酶-异麦芽糖酶缺乏者禁用。
