该药的不良反应主要为胃肠道反应、过敏反应,也可出现肝功能异常、肾功能异常等。2003年12月,国家药品不良反应监测中心曾发布信息通报,提示克林霉素注射液可引起严重不良反应,提醒医生严格掌握适应症,避免不合理使用。