头孢吡普有很好的耐受性，只有轻度或中度的不良反应。健康志愿受试者中最常见的不良反应是味觉障碍，且主要发生在输液时。可能是由前药头孢吡普酯快速转换为头孢吡普时产生的二乙酰所致（二乙酰具有焦糖的味道）。其停药后最常见的不良反应是呕吐和恶心。多剂量输注750mg本品时，有3例出现头痛和轻中度的丙氨酸氨基转氨酶（ALT）上升不良反应，没有心电图异常现象报道，严重的与治疗相关反应如过敏反应或梭状结肠炎发生的几率很低（<1%）。对β-内酰胺类抗菌药物过敏或对头孢菌素类药物敏感者禁用。
