本品一般耐受性良好，不良反应轻微，通常不需要终止治疗。孟鲁司特钠颗粒总的不良反应发生率与安慰剂相似。
1、2至5岁儿童哮喘患者
已在573名2至5岁儿童患者中评价了孟鲁司特钠颗粒的安全性。在一项安慰剂对照为期12周的临床研究中，本品治疗组中与药物相关，发生率>1%且比安慰剂组高的唯一不良事件是口渴。口渴发生率在两组间无显著差异。
累积已有426名2至5岁儿童患者使用孟鲁司特钠颗粒治疗至少3个月，230名患者治疗6个月或更长时间，63名患者治疗12个月或更长时间。随着本品治疗时间的延长，不良事件发生的情况无变化。
2、6个月至2岁儿童哮喘患者
已在大约175名6个月至2岁儿童患者中评价了本品的安全性。在一项安慰剂对照为期6周的临床研究中，本品治疗组中与药物相关, 发生率>1%且比安慰剂组高的不良事件是腹泻、运动机能亢进、哮喘、湿疹样皮炎和皮疹。但这些不良反应的发生率在两组间无显著差异。
3、2至14岁季节性过敏性鼻炎儿童患者
在一项为期2周的安慰剂对照临床研究中，已在280名2至14岁季节性过敏性鼻炎儿童患者中评价了本品的安全性。每天晚间服用本品一次耐受性良好，不良反应发生率与服用安慰剂组类似。在这项研究中，本品治疗组的不良反应发生率低于1%，且未发现有与药物相关，发生率高于安慰剂组的不良反应。
4、临床实践的合并分析
使用有效的自杀行为评估方法对41项安慰剂对照临床研究（35项研究针对15岁及以上患者；6 项研究针对 6-14岁儿童患者）进行了合并分析。在9929例服用本品的患者和7780例服用安慰剂的患者中，一例有自杀意念的患者服用了本品。任何一组均未出现完成自杀、自杀企图或针对自杀行为的预备行动。
针对46项安慰剂对照临床研究 (35项研究针对15岁及以上的患者；11项研究针对3个月至14岁的儿童患者) 进行了独立的合并分析，评估行为相关性不良事件。在11,673例服用本品的患者和8827例服用安慰剂的患者中，行为相关性不良事件的发生率分别为2.73%和2.27%；比值比为1.12（95% CI [0.93; 1.36]）。
这些合并分析中包含的临床试验没有特定设计自杀率或行为相关性不良事件的检查。