本类药物毒性极低，TMP对小白鼠LD50为2500毫克/千克体重，而DVD的LD50则大于5000毫克/千克体重。按治疗量长期使用，也不会出现不良反应。但大剂量使用时，可影响叶酸代谢和作用，可致白细胞减少和血小板减少，故长期使用时必须注意。 据报道，使用复方敌菌净(DVD+SMP)防治青年鸡葡萄球菌病时，用药剂量每只鸡平均用60毫克，1次拌料喂服，每天一次，连服7天后，出现中毒症状。表现为精神沉郁，有些伏地不起，皮下出现血肿。
