1、以皮疹最常见的过敏反应；口服可引起轻度恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应；大剂量使用（每日200mg/kg）时可出现肾脏毒性等。
2、多见过敏反应：斑丘疹（尤其易发生于传染性单核细胞增多症、巨细胞病毒感染、淋巴细胞白血病、淋巴瘤患者）、荨麻疹及其他血清病样反应、喉水肿、药物热和嗜酸粒细胞增多等。
3、二重感染：长期或大量应用新生霉素可致耐青霉素金黄色葡萄球菌、革兰阴性杆菌或白念珠菌感染（舌苔呈棕色甚至黑色）。
4、少见粒细胞和血小板减少、一过性血清氨基转移酶升高、剥脱性皮炎、过敏性休克、神经毒性和肾毒性等。