曾有氟康唑用药过量的报道。氟康唑口服1600mg/日，肝功能化验值上升；口服2000 mg/日，出现中枢神经障碍（精神错乱、嗜睡、视觉障碍、不眠、恶梦、幻觉），多型性红斑、恶心、呕吐、肝功能化验值上升。一例年龄为42岁、因艾滋病病毒感染的患者，服用氟康唑8200mg后，出现了幻觉和兴奋性偏执行为。这位患者被收住医院后48小时内病情恢复正常。
对用药过量的患者，可只采用对症治疗（支持治疗）。
氟康唑大部分由尿排出，强迫利尿可能增加其清除率。经血液透析治疗3小时，可使氟康唑的血浆浓度降低约50%。
