慢性、复发和严重感染或吸收不良时，宜选用非胃肠道给药。非胃肠道给药溶液最好在药液配制后数小时内使用，使用前充分振摇，缓慢注射。本药可加入到常用的静脉注射液体中，如生理盐水、5%葡萄糖和1/6 M乳酸钠。 传染性单核细胞增多症和淋巴细胞性白血病患者常出现药疹。青霉素类与头孢菌素类合用可以出现交叉过敏或交叉抗药性。氟氯西林钠胶囊不宜结膜下和鞘膜内注射。长期用药偶见导致非敏感细菌过度生长。对妊娠和哺乳的影响就目前已知情况而言，妊娠期使用氟氯西林，未见引起胎儿任何危险。由于氟氯西林钠胶囊可少量分泌入乳汁，因此有引起婴儿致敏的危险，但这种危险很小。