可引起胃肠道反应：恶心,呕吐,食欲不振,腹胀,腹泻.皮疹,白细胞减少.转氨酶升高.可引起二重感染,伪膜性结肠炎.也可有呼吸困难,嘴唇肿胀,鼻腔肿胀,流泪和过敏反应.有报告，本品引起伪膜性肠炎的发生率是最高的，可能超过2%。
约10%用克林霉素治疗的人出现皮疹，其它如渗出性多形性红斑、可逆性血清谷草氨基转移酶及血清谷丙氨基转移酶升高、粒细胞减少、血小板减少及其它过敏反应等偶可见。
