(1) 有支气管哮喘、皮疹、荨麻疹等过敏性疾病家族史的患者慎用。
(2) 肾功能不全患者：严重肾功能不全患者血药浓度持续较高；因本品中的氯化钠可解离出钠离子，可导致高血钠症。
(3) 心脏或循环系统功能异常者慎用。注射用甲磺酸帕珠沙星中含有氯化钠易导致水钠潴留，从而使水肿症状加重。
(4) 有抽搐或癫痫等中枢神经系统疾病的患者慎用。
(5) 6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏患者慎用注射用甲磺酸帕珠沙星。
(6) 注射用甲磺酸帕珠沙星可能导致休克，所以应用注射用甲磺酸帕珠沙星前要详察有无过敏休克病史，以便在治疗期前准备必要的抢救药品和急救监护措施，以防止休克的发生。使用时如果出现过敏性休克，除急救外，尚需密切观察病人的神智、脸色、血压，保证患者的安全。