1、肺，10%-23%的用药患者可出现肺毒性，表现为呼吸困难、咳嗽、胸痛、肺部啰音等，导致非特异性肺炎和肺纤维化，甚至快速死于肺纤维化。用药400mg的患者，肺功能失常发生率约为l0%，l%～2%患者死于肺纤维化；用药500mg以上的患者死亡率可达3%～5%。应随时注意肺部纤维化，尤其注意肺活量、一氧化碳扩散容积、动脉内氧气分压等指标、胸部放射科照片检查，当发现肺部异常时，应立即停止用药，并适当的对症治疗。老年病人和心肺机能不良的病人，应特别注意，要减少用药剂量或延长用药间隔时间。
2、皮肤毛发，可引起手指、脚趾、关节处皮肤肥厚和色素沉着，引起趾甲变色脱落、脱发。
3、血液系统，注射用盐酸博来霉素引起骨髓抑制作用较轻微。
4、心脏，注射用盐酸博来霉素可能引起心电图改变、心包炎症状，但可自然消失，无长期的心脏后遗症。
5、肝，注射用盐酸博来霉素可能引起肝细胞脂肪浸润伴肝肿大。
6、消化道，少数患者有食欲缺乏、恶心，少见呕吐、腹泻、口腔炎及口腔溃破。
7、坏死引起出血，治疗期间可出现肿瘤坏死引起出血，应特别注意。
8、口腔炎，用药量达至l50mg(效价)时，有时可出现口腔炎，停药后可自行恢复。
9、静脉炎，长期静脉用药，可出现注射部位周围静脉壁变硬，此时应改成肌肉注射；反复肌肉注射会引起局部硬结，应经常改变注射部位。
10、其它，约l/3患者于用药后3-5小时可出现发热，一般38℃左右，个别有高热，常在几小时后体温自行下降。还可出现肿瘤局部疼痛、头痛、头部沉痛感、恶性腹泻、残尿感、药物皮疹，偶见过敏性休克。