由于红霉素主要经肝脏排泄，红霉素应慎用于肝功能损伤的病人。
红霉素可能使重症肌无力患者病情恶化。
长时间或重复使用红霉素可导致对红霉素不敏感的细菌或霉菌过度生长。如感染严重，应停用红霉素，用其它适当治疗替代。
必要时，切口、引流或其他外科手术应与抗生素治疗同时进行。
有报告认为红霉素在胎儿体内不能达到预防先天性梅毒的足够浓度。在母体内已经过红霉素治疗的婴儿应用适当的青霉素治疗。
几乎所有抗生素包括红霉素均有致假膜性结肠炎的报告，程度由轻度到危及生命。因此，重要的是确诊服药后引起腹泻的病人。
抗生素治疗会改变结肠正常菌丛，使梭菌过度生长。研究表明由艰难梭菌产生的毒素是抗生素有关的结肠炎的主要病因。
在确诊假膜性结肠炎后，应着手治疗。轻度病人通常只须停药。中重度病人应考虑补液、补电解质和蛋白质，并用对艰难梭菌结肠炎有效的抗菌药物进行治疗。
同服红霉素和洛伐他汀的重病人有伴有肾损伤或无肾操作的横纹肌溶解的报告。因此，同服红霉素和洛伐他汀的病人应小心监测肌酸激酶和转氨酶浓度。
本品可用于肠阿米巴病，肠外阿米巴病需用其它药物治疗。