1．盐酸妥拉唑林注射液常见的不良反应为
(1)胃肠道出血 该反应可能致命。可通过对胃内容物化验得到证实。低氯性碱中毒。
(2)体循环低血压：新生儿中常见，可突然发生，此时患儿应取头低位及静脉补液。不宜用肾上腺素或去甲肾上腺素，以免血压过度下降引起随后血压过度反跳。如果扩容不能维持血压，给予多巴胺(可能需要大剂量)与本品同时静脉滴注。
(3)急性肾功能不全 少尿、血尿。
(4)血小板减少。
2．盐酸妥拉唑林注射液较少见的不良反应为
(1)恶心、呕吐、腹泻和上腹痛。
(2)麻刺感、寒冷、发抖、出汗；竖毛活动增加，引起鸡皮现象。
(3)周围血管扩张，皮肤潮红。
(4)反射性心动过速，曾有发生心律失常和心肌梗死的报道。
3、盐酸妥拉唑林注射液罕见的不良反应：瞳孔扩大。动脉内注射时，注射肢体有烧灼感。