在全球性对照临床试验中，单用硫酸茚地那韦胶囊或与其他抗逆转录病毒药物(齐多夫定、去羟肌苷和/或拉米夫定)合用，都具有良好的耐受性。硫酸茚地那韦胶囊不改变与齐多夫定、去羟肌苷和/或拉米夫定有关的主要毒性反应的类型、发生率或严重程度。
与本品有关的不良反应多数是轻微的，且不需停药。因任何临床不良反应而导致停药的，在196名单用本品治疗的患者中占5.1%，在53名本品与其他抗逆转录病毒药物联合治疗的患者中占5.7%，在74名单用其他抗逆转录病毒药物治疗的患者中占6.8%。
单用本品治疗的患者中(n=196)，由研究人员报告为可能、很可能或确定与药物有关，不论其严重程度且在≥5%的患者中发生的临床不良反应包括：虚弱/疲劳、腹痛、返酸、腹泻、口干、消化不良、胃肠胀气、恶心、呕吐、淋巴结病、眩晕、头痛、感觉迟钝、失眠、皮肤干燥、瘙痒、药疹和味觉异常。许多最常见的不良反应通常是此类患者已存在或经常发生的疾病。
临床试验报道，约有9.8%(252/2577)服用硫酸茚地那韦胶囊的患者报道有肾结石，包括伴有或不伴有血尿(包括镜检血尿)的腰痛，对照组为2.2%。一般而言，这些病例不伴有肾功能不全，并可通过摄水和暂时中断治疗(如暂停1～3天)恢复。(见注意事项肾结石和用法用量)
在3岁及3岁以上儿童患者的临床试验中，服用本品每8小时500mg/m2后，除肾结石发生率增高至24%(13/55)以外，其它不良事件均与成人相似。