1、乳癌
芬吗通大量流行病学研究和一项随机安慰剂对照试验，即女性健康倡议(Women’s Health Initiative， WHI)发现：正在或最近使用HRT疗法的患者，乳癌总体风险随HRT治疗时间的延长而增加。对于单一雌激素替代疗法，在重新分析51项流行病学研究(其中]80%的人使用单一雌激素替代疗法)和一项流行病学研究，即百万妇女研究(Million Women Study， MWS)的原始资料后，得出结果相似的使用者乳癌相对危险度(RR)，分别为1.35(95%CI：1.21-1.49)和1.30(95%CI：1.21-1.40)。
对于联合雌激素和孕激素的HRT疗法，已有多个流行病学研究报道称使用者乳癌总体风险高于单用雌激素者。
MWS报道，相对于从未使用MRT疗法者，使用不同种类的雌激素-孕激素联合HRT疗法者的乳癌风险(RR=2.00，95%CI：1.88-2.12)都高于单用雌激素(RR=1.30，95%CI：1.21-1.40)或替勃龙(RR=1.45，95%CI：1.25-1.68)的患者。
WHI试验报道，与安慰剂相比，所有使用雌激素-孕激素联合HRT疗法(CEE+MPA)者5.6年后乳癌的风险为1.24(95%CI：1.01-1.54)。
根据MWS和WHI试验所计算出的乳癌绝对危险度如下：
MWS基于发达国家中已知的乳癌平均发病率推测：
每1000名50-64岁从未使用HRT疗法的女性中约有32例被诊断为乳癌
每1000名正在或最近使用HRT疗法的同龄患者中，新增的乳癌病例数为
单一雌激素替代疗法使用者
0-3例(最佳估计值，best estimate=1.5)5年使用期
3-7例(最佳估计值=5)10年使用期
雌激素和孕激素联合替代疗法使用者
5-7例(最佳估计值=6)5年使用期
18-20例(最佳估计值=19)10年使用期
WHI试验中随访50-79岁女性5～6年后，因雌激素-孕激素联合HRT疗法(CEE+MPA)疗法导致新增8例倾袭性乳癌/10，000女性/年。
根据试验资料的计算结果可认为：
安慰剂组中每1000名女性
5年内将约有16例被诊断为倾袭性乳癌
雌激素-孕激素联合HRT疗法(CEE+MPA)组中每1000名女性，新增病例数将为
0-9例(最佳估计值=4)5年使用期
女性不论在什么年龄(45-65岁之间)开始HRT疗法，她们的乳癌新增病例数大致相同。
2、子宫内膜癌
留有完整子宫的女性患子宫内膜增生过长和子宫内膜癌的风险随使用非拮抗性雌激素时间的延长而增加。根据流行病学研究的资料，50-65岁不使用HRT疗法的女性，子宫内膜癌最佳风险估计值约为5例/1000人。非拮抗性雌激素使用者患子宫内膜癌的风险取决于治疗时间和雌激素剂量而比不使用HRT疗法者大2-12倍不等。单一雌激素疗法中添加孕激素后能大大降低所增加的风险。
3、芬吗通与雌激素/孕激素治疗有关的其他不良反应
雌激素依赖性良性和恶性新生物，如子宫内膜癌。
静脉血栓栓塞，即腿部或盆腔的深静脉血栓和肺栓塞，在激素替代疗法使用者中较不使用HRT疗法者更常见。进一步信息，见禁忌症和注意事项。