以下引自国外上市的盐酸多柔比星脂质体的临床文献资料。
对AIDS-KS病人进行的临床开放和对照研究显示，与盐酸多柔比星脂质体相关的最常见的不良反应是骨髓抑制，几乎近一半病人发生。
白细胞减少是病人最常见的不良反应，也可见贫血和血小板减少。这些反应一般在治疗早期便可见，但仅是暂时性的。临床试验中很少有因严重骨髓抑制而停药的事件发生。在出现血液学毒性反应时，应按“出现血液毒性的剂量调整”方法进行处理。
在临床研究使用盐酸多柔比星脂质体过程中，出现的较常见的有临床意义的实验室检查异常（≥5%），还包括碱性磷酸酶升高以及天冬酰胺转移酶和胆红素升高，但这些检查异常被认为与基础疾病有关，而与盐酸多柔比星脂质体无关，根据报道，在使用盐酸多柔比星脂质体的过程中，血红蛋白和血小板减少的发生率较低（＜5%），白细胞减少导致的脓毒血症更为少见（＜1%）。上述某些检测指标异常的产生可能与HIV感染有关，而非盐酸多柔比星脂质体造成。
其他发生率较高（≥5%）的不良反应有：恶心，无力，脱发，发热，腹泻，与滴注有关的急性反应和口腔炎等。
滴注反应主要有潮红，气短，面部水肿，头痛，寒颤，背痛，胸部和喉部收窄感，低血压。在多数情况下，不良反应发生在第一个疗程。采用某种对症处理，暂停滴注或减缓滴注速率后经过几个小时即可消除这些反应。
据报道，连续滴注常规盐酸多柔比星的病人可见口腔炎，接受盐酸多柔比星脂质体的病人亦时有报道。这并不影响病人完成治疗。一般无需调整剂量，除非口腔炎影响病人的进食，此时可延长给药间期或减量。
盐酸多柔比星脂质体临床研究中常发生呼吸系统不良反应（≥5%），这可能与AIDS病人的机会性感染有关。KS病人使用本品后可见机会性感染，在HIV引起的免疫缺陷病人中常见发生。在临床研究中，最常见的机会性感染是念珠菌病，巨细胞病毒感染，单纯疱疹，卡氏肺囊虫肺炎及单纯鸟分支杆菌感染。
其他不很常见的不良反应（＜5%）有手掌-足底红斑性感觉迟钝，口腔念珠菌病，恶心，呕吐，体重下降，皮疹，口腔溃疡，呼吸困难，腹痛，过敏反应包括过敏症，血管扩张，头晕，厌食，舌炎，便秘，感觉异常，视网膜炎和意识模糊。
手掌-足底红斑性感觉迟钝是一种有痛感的红色斑症。一般病人在治疗6周或更长时间后会出现这种反应。该反应可能与剂量和用法相关，通过延长给药间期1～2周或减量后可以缓解，多数病人症状在一两周后即可消失。严重时可使用糖皮质激素进行治疗。少数病人症状表现严重，并出现严重的衰弱征象，可能需要停药。
用常规多柔比星制剂治疗时充血性心衰的发生率高。虽然对10例接受盐酸多柔比星脂质体累积用量＞460mg/m2的AIDS-KS病人作心肌内膜活组织检查时，9例并未显示蒽环类药物性心肌病，但在使用盐酸多柔比星脂质体发生仍应注意心肌病变的风险。建议AIDS-KS病人的用药剂量为每2或3周20mg/m2，当累积剂量＞460mg/m2时仍要注意心脏毒性，这要经过20个疗程，历时约40～60周。
虽然至今尚未见由于盐酸多柔比星脂质体血管外渗而造成局部坏死的报道，但盐酸多柔北星脂质体仍被认为是一种刺激性药物。动物研究显示，盐酸多柔比星以脂质形式给药减少了外渗伤害的可能。如果发生任何血管外渗的迹象（如：刺痛、红斑）都应立即中止滴注而从另一静脉重新开始。用冰敷外渗部位30分钟有助于减轻局部反应。盐酸多柔比星脂质体不可用于肌肉和皮下注射。
既往接受放疗产生的皮肤不良反应在使用盐酸多柔比星脂质体时偶见复发。