报道的阿巴卡韦、拉米夫定和齐多夫定的不良反应列于上表。对于其中多数副作用，尚不清楚是否与活性成分有关，或者与治疗HIV感染中大量药物的使用有关，或者本身就是由潜在的疾病进展引起的。
阿巴卡韦的过敏反应 ：与阿巴卡韦过敏反应有关的征象和症状总结如下 ：
胃肠道 -恶心、呕吐、腹泻、腹痛、嘴部溃疡 ；
神经病学/精神病学 -头痛、感觉异常 ；
血液学 -淋巴细胞减少 ；
肝/胰腺 -肝功能指标升高 ；
肌肉和骨胳 -肌痛、肌溶解、关节痛、肌酸磷酸酶升高 ；
呼吸道 -呼吸困难、喉痛、咳嗽、流感样综合征 ；
皮肤 -皮疹(通常为斑丘疹和荨麻疹) ；
泌尿科学 -肌酸酐升高、肾衰 ；
其它 -发热、嗜睡、不适、水肿、淋巴节病、低血压、结膜炎、过敏症。
临床研究中，接受阿巴卡韦治疗的病人约有4%发生过敏反应，尽管采取预防措施，部分是危及生命和致死的过敏反应。这种过敏反应的特点是累及多个脏器。
几乎所有病人的过敏反应均有发热和/或皮疹(通常为斑丘疹和荨麻疹)成为综合征的一部分，但是也曾出现过无皮疹和发热的过敏反应。
一些发生过敏反应的病人起初会被认为有胃肠道疾病、呼吸道疾病(肺炎，支气管炎，咽炎)或流感样疾病。这些会延误过敏反应的诊断，阿巴卡韦继续服用或重新使用会导致更为严重的过敏反应和死亡。因此，对出现这些疾病症状的病人应仔细考虑是否诊断为过敏反应。
症状通常发生于治疗过程中的前6周内(平均为开始治疗后的第11天)，也可发生于治疗过程的任何时间。有必要在治疗的最初两个月进行密切的医疗监测，每两周会诊一次。
预见引起阿巴卡韦过敏反应发生的严重性的危险因素尚未证实，但是很可能间歇治疗可以增加过敏反应发生的危险从而产生显著的临床过敏反应。因此应告知病人定时服用本品的重要性。
发生过敏反应后重新服用本品或任何其它含阿巴卡韦的制剂可在数小时内使症状迅速发生。这种复发的过敏反应通常比初发更严重，而且可能发生危及生命的低血压和死亡。
为避免延误诊断和减少危及生命的过敏反应的发生，一旦发生不能排除其它情况的过敏反应，即使可能为其它诊断(呼吸道疾病、流感样疾病、胃肠道疾病或对于其它药物的反应)，本品必须停用。
迅速发生的过敏反应，包括危及生命的反应曾出现在停用阿巴卡韦前仅有一项关键过敏反应症状(皮疹、发热、胃肠道症状、呼吸道症状和如嗜睡和不适)出现后重新服用阿巴卡韦的病人。对于先前没有出现过过敏反应症状而重新开始治疗后出现过敏反应的病人的报道非常罕有。必须在医疗协助具备的情况下作出重新开始接受本品治疗的决定。
阿巴卡韦的过敏反应必须警告每个病人。
已报道的单一成份的不良反应 ：见上表。一旦上述任何症状发生，必须注意减少过敏反应发生的可能。
乳酸酸中毒 ：采用核苷类似物进行治疗与乳酸酸中毒有关，有时是致死性的，通常伴发严重肝肿大和肝硬化。
与齐多夫定有关的血液学不良反应 ：贫血、中性粒细胞减少和白细胞减少，这些常见于大剂量(1200-1500 mg/天)用药和HIV感染进展期病人(尤其是治疗前骨髓增生不良的病人)，特别是CD4细胞计数[100/mm3的病人。此时可能需要减少剂量或停止治疗。贫血病人可能需进行输血。
齐多夫定治疗开始时，中性粒细胞数、血红蛋白水平、血清维生素B12水平低的病人在使用齐多夫定时，中性粒细胞数减少的机率也会增加。