1、阿替普酶的不良反应—血液系统：出血最常见。与溶栓治疗相关的出血类型有胃肠道、泌尿生殖道、腹膜后或颅内的出血，浅层的或表面的出血主要出现在侵入性操作的部位(例如静脉切口，动脉穿刺，近期做了外科手术的部位)。另外，有出现硬膜外血肿和筋膜下血肿的报道。全身性纤维蛋白溶解比用链激酶时要少见，但出血的发生率相似。
2、阿替普酶的不良反应—心血管系统：
(1)心律失常：使用本药治疗急性心肌梗死时，血管再通期间可出现再灌注心律失常，如加速性室性自主心律、心动过缓或室性早搏等。这些反应通常为良性，通过标准的抗心律失常治疗可以控制，但有可能引起再次心肌梗死和梗死面积扩大。心律失常的发生率和静脉滴注链激酶时相似。
(2)血管再闭塞：血管开通后，需继续用肝素抗凝，否则可能再次形成血栓，造成血管再闭塞。有报道用本药进行溶栓治疗后发生了胆固醇结晶栓塞。
3、阿替普酶的不良反应—中枢神经系统：可出现颅内出血、癫痫发作。
4、阿替普酶的不良反应—泌尿生殖系统：有报道用药后立即出现肾血管肌脂瘤引起的腹膜后出血。
5、阿替普酶的不良反应—骨骼/肌系统：可出现膝部出血性滑膜囊炎。
6、阿替普酶的不良反应—其他：过敏反应 [2]。