依诺肝素钠的作用机理主要是通过抗凝血和抗血小板聚集作用来预防和治疗血栓相关疾病。
依诺肝素钠是一种低分子肝素，它分离了标准肝素的抗血栓和抗凝活性，并主要作用于凝血因子IIa（即抗凝血酶活性），其抗Xa活性更高。这种作用模式使得依诺肝素钠在预防剂量下不会明显影响aPTT（活化部分凝血活酶时间），而在治疗剂量下，活性峰值时可以将aPTT时间延长1.5到2.2倍。
此外，依诺肝素钠的毒理研究显示，它对细胞没有直接的毒性作用，并且不会透过胎盘。在遗传毒性研究中，包括Ames试验、小鼠淋巴瘤细胞正向突变试验、人淋巴细胞染色体畸变试验以及大鼠体内微核试验，结果均为阴性。