信号肽酶有三个定义：
定义1：生物化学与分子生物学—在质膜蛋白插入到质膜中后去除信号肽的一组肽内切酶。包括信号肽酶Ⅰ和信号肽酶Ⅱ。
定义2：细胞生物学—合成中的分泌蛋白肽链进入内质网腔后，切除其信号肽的酶。
定义3：遗传学—可切除分泌型蛋白质N端信号肽的蛋白酶。
