全二维色谱仪分类有多种。
1、按分离目的可分：实验室全二维色谱仪和工业全二维色谱仪。
2、按流动相物理状态可分：全二维气相色谱仪和全二维液相色谱仪。
3、按作用可分：全二维定量分析色谱仪和全二维定性分析色谱仪。
4、按分离化合物的特点可分：全二维同系物色谱仪和全二维同分异构体色谱仪等。
5、按分离特征可分：全二维高选择性色谱仪、全二维高灵敏度色谱仪和全二维高分离度色谱仪。
6、按用途可分：生物色谱仪、制药色谱仪、化工色谱仪、食品色谱仪、氨基酸色谱仪、蛋白质色谱仪、糖类色谱仪、多肽色谱仪、核酸色谱仪和酶色谱仪等。
