现在科研、质检部门对于菌落仪的要求也越来越高，上述软件功能应该能够满足现在客户的需要，但是对与一些特殊实验应用面来说，在功能上还有待加强。除软件功能，另外一点也不得不提，那就是操作。现在越来越讲究人机结合的舒适性，讲究产品功能的强大和操作的简单化成反比。对用用户来说才算是真正解放。
全自动菌落计数仪就是为了减轻工作人员工作强度的，在现今的高技术下，若还需要估算才能测出菌落数的话，应是比较落后了。最好的是：能“不变应变”精准、稳定地傻瓜式操作的分析软件，其对于菌落形态和样品状态的不确定性，能够自动适应，以避免不断地调节菌落分割参数，其最多由对话交互来擦除那些个污染部分，即可。