β-CN 由 226 个氨基酸残基组成，分子量为 25 382 Da。β-酪蛋白含有大量的谷氨酰胺，此氨基酸序列是非常保守的，在N-末端附近形成了主要的磷酸化作用位点，β-酪蛋白磷酸化位点的数量和磷酸化水平比α-酪蛋白少。在牛的β-酪蛋白中，一个完全磷酸化形式包含5个磷酸基团，而在其他物种里，β-酪蛋白含有大量的磷酸化作用形式，如人、山羊和负鼠。Sood 比较了在 β-酪蛋白中含量较高的结合了两个磷酸根的 β-酪蛋白(β-CN-2P)和结合了四个磷酸根的 β-酪蛋白(β-CN-4P)，结果显示两者约占 β-酪蛋白总量的70%，每个大约35 %。在 β-酪蛋白中脯氨酰基(Proly-)有相当高的频率，因其实亚氨基酸，形成肽键后，不能参与氢键的形成，加上其 α-碳原子位于五元环上，两侧的键难于旋转，不易形成 α-螺旋(α-Helix)，故脯氨酸是倾向于瓦解 α-螺旋和 β-片层结构(β-Pleated sheetstructure)的。