遗传毒性 ：丙酸氟替卡松体外三致试验结果显示标准Ames试验，E.coli变异，S.cereviseiae基因转变试验，中国仓鼠卵巢细胞分析均未见致突变现象。小鼠微核试验和培养人淋巴细胞试验未见致染色体畸变现象。
生殖毒性 ：生殖毒性试验结果显示，雄性大鼠每日皮下注射丙酸氟替卡松50 ug/kg，雄性大鼠每日皮下注射丙酸氟替卡松100 ug/kg（后期减至每日50 ug/kg），对交配和生殖力均无影响（分别为70 kg体重，每天局部使用0.05%丙酸氟替卡松乳膏15 g，透皮吸收为近3%时全身暴露水平的15倍和30倍）。全身给药时在较低剂量下皮质类固醇就有致畸作用。有些皮质类固醇皮肤给药后亦产生致畸作用。试验结果显示小鼠每日皮下给予丙酸氟替卡松45 ug/kg和150 ug/kg（分别为人外用剂量的14和45倍）就出现致畸现象（腭裂）。