HHV-6具有不同于其他疱疹病毒的血清学和遗传学特征，其基因组DNA约为160~170Kb，mol%G+C为43%~44%。根据其抗原性的不同可有A和B两个型别之分，即HHV-6A和HHV-6B，两型HHV-6的遗传性相近，但其流行病学和临床特性不同。HHV-6A的致病性尚不十分清楚，而HHV-6B是引起儿童疱疹和其他疾病的主要因素。
