1、伴巨大淋巴结病的窦状组织细胞增生症— 淋巴瘤
SHML具有特征性的组织学改变即扩大的淋巴窦内有中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞和组织细胞。组织细胞胞质丰富，可见特征性的“伸入运动”，免疫组织化学染色S-100强阳性，CD68、CD14阳性，CD1α阴性可以鉴别。但二者合并存在时难以区分。
2、伴巨大淋巴结病的窦状组织细胞增生症— 朗格汉斯细胞组织细胞增生症
组织细胞的细胞质呈泡沫状，细胞核呈肾形，电镜下可见Birbeck颗粒。
3、伴巨大淋巴结病的窦状组织细胞增生症— 黑素瘤
没有“伸入运动”，免疫组织化学染色HMB45阳性。
4、伴巨大淋巴结病的窦状组织细胞增生症— 结节病
以双侧肺门林巴结肿大为主，肺部为主要受累组织，病理特点为干酪性肉芽肿。