依索拉唑常见的不良反应为头痛、腹痛和腹泻。胃肠功能紊乱、腹胀、呕吐、便秘等发生率约为1%～10%。少见有皮炎、瘙痒、荨麻疹、眩晕、口干等反应。但一般情况下该药毒性较低，大鼠口服给药的LD50大于5g/kg，腹腔给药的LD50亦在2.5g/kg以上。实验犬以10mg/kg的剂量连续服用28天，未见明显异常。大鼠连续用药13周，在剂量为80mg/kg时，所有生理参数均无改变，致毒剂量在320mg/kg以上。在一般药理实验中，未见依索拉唑对心血管及植物神经系统影响，仅在高剂量下对中枢神经系统有轻微影响。