事物总是有两方面的，任何一种疗法都不是十全十美的。光化学疗法也不例外。由光化学疗法引起的副作用，包括近期和远期的副作用。
1.近期副作用
（1）胃肠反应有胃部不适、恶心、食欲不佳等，见于补骨脂素内服的患者。避免空腹服药或将1次剂量分为2份，间隔半小时内服，可减轻反应；
（2）红斑反应为紫外线照射剂量过大所致。如红斑反应重可暂停照射。在红斑消退后，适当地减少照射剂量；
（3）皮肤瘙痒、干燥常发生在治疗一段时间后，外用润滑剂可减轻症状。
（4）其他副作用较为少见。曾有多毛、甲下出血、甲剥离、雀斑样色素沉着、痤疮样发疹、红斑狼疮样反应、皮肤疼痛、诱发类天疱疮、中毒性肝炎等报告。
2.远期副作用
（1）皮肤老化这主要是长期照射反应可促使皮肤发生老化。临床表现为点状色素沉着和脱失、皮肤干燥、萎缩和角化过度等；
（2）引起白内障文献中已有一些这方面的报道。但在这些患者中，有一大部分很难排除与其他因素有关，如内服皮质类固醇激素、糖尿病、年老等，尽管如此，也无法否定其白内障的发生与紫外线无关。因此，在治疗中，强调服用补骨脂素后8～12小时内佩戴保护眼镜是很有必要的；
（3）致癌作用根据近几年来的一些研究证明光化学疗法具有致癌作用，它与多种因素有关，如人种、肤色的深浅、生活环境、机体免疫情况、以往的治疗史、紫外线照射的累积剂量等。
3.副作用的预防
为了减少皮肤癌发生的可能性，特别是对银屑病的治疗，采取一些预防措施是必要的。这些措施包括：
（1）禁用对以往曾接受过X线、砷剂等治疗的患者，以及患有日光性角化症等癌前损害的患者，不要应用光化学疗法治疗；
（2）尽量不用对病情不严重，可用其他疗法的患者，尽可能不用光化学疗法；
（3）减少紫外线累积采用综合治疗，以减少紫外线的累积量。