（1）麻醉不充分：在受体眼环钻前应认真检查，如发现眼球转动、眼睑紧张、眼压没有充分降低应积极采取措施，如补充麻醉、眼球加压按摩或全身用甘露醇等，否则不宜急于手术。如术中发现晶状体-虹膜隔凸出或玻璃体有脱出倾向，应仔细检查有无眼球额外加压的因素，如由于麻醉不充分应补充麻醉后再继续缝合。
（2）开睑及眼球固定不良：轮匝肌麻醉不充分及睑裂过小都可造成开睑困难，可通过补充麻醉及外眦切开加以解决。上、下直肌固定线应穿过肌肉抵止处后2mm。必要时用固定镊子抓住内直肌或外直肌抵止处来协助固定眼球。应牢记，必须创造一个宽敞得手的手术野，否则很难成功地完成手术过程。
（3）钻切操作不当：①位置偏离。克服的方法包括：角膜中心做标志和助手协助监视等。②病变角膜的切除过大或不充分，应在环钻前用卡尺测量病变范围的大小，从而选择直径合适的环钻。③捻转环钻时造成双切痕或多切痕，这是接力时环钻离开原切口所致。因此，环钻时应一直保持恒定向下的力，使一气呵成，绝不能钻几下就取下环钻看看是否钻透。如发生双切痕或多切痕，则是个难以处理的并发症。如果情况复杂有造成植床组织缺损的可能，应终止手术，待组织愈合后择期再次手术。如果尚有弥补可能，选定继续环钻的切痕应以最初开始的正确位置为最佳；次之是选择没有明显偏离的较深切痕；最后是以不造成孤岛状的组织游离缺损为原则。尤其在剪除病变角膜片时，如果剪刀误入不应该进入的、切痕所造成的组织缺损，后果非常严重。在切痕重叠干扰视线的情况下尤其要当心这种无法弥补的过失发生。④切口倾斜，多由于环钻把握不正或用力不均引起。创缘内口对合不良可造成近期内植片水肿、远期植片后膜增殖或由角膜内皮丧失而引起植片浑浊。⑤内缘不整。是由于剪刀未能保持垂直状态及反复进出前房造成，遇到这种情况应以纤细的弯剪刀修整后再行植片缝合。
（4）后弹力膜部分或全部残留：由于穿刺孔小，进剪刀时将其与实质层分离所造成。由于此膜透明度好，容易被忽略。但有经验者不难发现，因为剪刀前进时有阻力并且剪刀所到之处角膜发生凹陷。一旦发生应切除后再缝合植片。
（5）虹膜-晶状体隔前凸：常发生于儿童或圆锥角膜眼，主要认为是巩膜硬度低的缘故。在植片移到植孔以后，应尽快将4针基本缝线缝好，是消除这种并发症最有效的办法。周边虹膜切除有时可奏效。如无晶状体眼可行前部玻璃体切除。
（6）切口出血：出现在高度血管化的受体角膜。预防办法：术前给以角膜营养眼液点眼，使血管退行性变或闭塞后再行角膜移植，术中角膜缘血管做轻轻烧灼；术前的激光光凝实践证明不能奏效。伤口部位的虹膜前粘连血管，可用水下电凝进行烧灼。前房内血块应加以冲洗清除。最有效的止血方法应是植片与植床伤口的良好密合，为达此目的，应当强调取较大植片为合适。禁止在创缘烧灼止血，这样会造成组织收缩伤口密合不良而漏水。
（7）晶状体损伤：术前缩瞳不够，环钻用力过猛、浅前房，进入前房的刀尖、剪刀下页、冲洗针头都有损伤晶状体的可能。如前囊损伤较大应立即行囊外摘除，条件允许者应同时进行人工晶状体植入。如术中未发现晶状体损伤，术后发生白内障至少要等术后1年以上再行白内障摘除术。
（8）缝合时常遇到的问题：①植片植床组织层次对应不良，只要保证缝线在后弹力膜浅层穿过，即可避免其发生，特别是最初的4针。②创缘内口哆开，所造成的术后并发症及远期并发症如前所述。其主要原因是因为缝线过浅或跨度太小。进针时应保证在后弹力膜水平，在植床侧比较容易做到，困难在于植片侧。主要是由上皮面入针由创缘面出针，准确性不好把握，操作的关键在镊子的恰当使用及与针持的密切配合上，正确地使用镊子是既不能将植片过度拉起或反折，又要保证创缘充分暴露于视野，进针点应在镊子夹持点之后，推针用力弧线应顺应缝针的固有弧度，进针时轻松自如是掌握要领的标志。③连续缝合中（或紧线时）缝线断裂：接线时接头线结打完以后应先将该结埋入组织，然后再紧其他部位缝线；紧线时应先从接头部分开始，到最初的打结处，然后从另一方向由接头部分开始紧到最初打结处，以保证接头埋在组织内。④误缝虹膜：多由剪除角膜片时剪刀骚扰虹膜太多，引起虹膜疲软；后房压力高，缩瞳不充分，未注意补充气泡或黏性物质。手术结束充分形成前房时，如发现瞳孔不圆，该处前房仍浅，用恢复器推送不成功者便是误缝的指征。如为间断缝合，应拆除该线重新缝合；如为连续缝合，应切断该部缝线，接头后再行补缝。⑤内皮损伤：手术任何步骤不加注意都有损伤的可能，但容易被忽视的是缝合后的过度冲洗前房、清除血块、虹膜整复、前房用浓度不适宜的缩瞳剂等，均应予以重视。⑥玻璃体处理不当：任何原因造成的术中成形玻璃体凸入前房都将给植片带来威胁，如继发青光眼、虹膜前粘连，必须妥善处理。可用干棉签轻轻蘸起前房内玻璃体在虹膜平面加以切除，直到玻璃体在虹膜平面以下。蘸玻璃体时不要过度牵拉，否则容易造成术后视网膜脱离及囊样黄斑变性。用玻璃体切割器切除玻璃体将更为有效而稳妥。术终前房注入空气，取平卧位，使玻璃体回位。