1、共聚焦激光扫描显微镜使用多个镜子（通常沿x轴和y轴线性扫描2或3个）来扫描样品上的激光，并通过固定的针孔和检测器“扫描”图像。
2、旋转盘（Nipkow盘）共焦显微镜在盘上使用一系列移动针孔来扫描光点。由于一系列针孔平行扫描一个区域，因此与激光扫描显微镜相比，允许每个针孔在特定区域上悬停更长的时间，从而减少照射样品所需的激发能量。降低的激发能量减少了样品的光毒性和光漂白，使其成为用于成像活细胞或生物体的优选系统。
3、微透镜增强或双旋转盘共聚焦显微镜的工作原理与旋转盘共聚焦显微镜相同，只是在含有针孔的旋转盘之前放置含有微透镜的第二个旋转盘。每个针孔都有一个相关的微透镜。微透镜用于捕获宽带光并将其聚焦到每个针孔中，从而显着增加引入每个针孔的光量并减少旋转盘阻挡的光量。因此，微透镜增强型共聚焦显微镜比标准旋转磁盘系统更敏感。横河电机于1992年发明了这项技术。
4、可编程阵列显微镜（PAM）使用电子控制的空间光调制器（SLM），产生一组移动的针孔。SLM是包含像素阵列的设备，其具有可以电子调整的各个像素的一些属性（不透明度，反射率或旋光度）。SLM包含微机电镜或液晶组件。图像通常由电荷耦合器件（CCD）相机获取。
这些类共焦显微镜中的每一种都具有特定的优点和缺点。大多数系统要么针对记录速度（即视频捕获）或高空间分辨率进行了优化。共聚焦激光扫描显微镜可以具有可编程的采样密度和非常高的分辨率，而Nipkow和PAM使用由相机分辨率定义的固定采样密度。单点激光扫描系统的成像帧速率通常比旋转磁盘或PAM系统慢。商用旋转盘共聚焦显微镜的帧速率超过每秒50帧 -这是动态观察（如活细胞成像）的理想特征。