功能性肛门直肠疼痛是缺乏器质性疾病证据的肛门直肠疼痛，属于功能性肛门直肠病，不常见。临床上可以表现为经常性的模糊钝痛，持续时间长，也可以表现为发作性的锐痛，仅持续数秒至数分钟。多见于女性，30～60岁人群多发。
病因和病理生理机制尚不清楚，可能与以下几方面有关。
1.盆底肌肉运动异常
肛提肌过度痉挛性收缩是主要原因，还可能与盆底功能障碍有关。
2.精神心理因素
患者多伴有多疑、焦虑、抑郁、癔症等。
3.机械性因素
长期过度体力劳动、久坐等。
4.神经性因素
阴部神经受刺激可引起痉挛性肛门直肠疼痛，且疼痛可放射至阴部神经支配的区域。
5.遗传性因素
有功能性肛门直肠疼痛家族史者有更大的几率患本病。