功能性胃肠病的检查目的是排除器质性疾病。因此，根据患者的临床表现和病史、家族史等，往往需要做多项检查，其中包括：
1.实验室检查
血、尿、便常规，粪便隐血；生化常规；血沉等；必要时做结核感染相关的检查、肿瘤标记物检测、内分泌检查、幽门螺杆菌（Hp）检测等。
2.影像学检查
B超、钡餐造影、钡灌肠造影、胃肠镜、CT、核磁扫描等，必要时做PET-CT、胶囊内镜、小肠镜等。
3.其他
食管pH、压力监测，高分辨阻抗分析；胃排空试验；胃肠排空试验；氢呼气试验；肛门括约肌压力测定、排粪造影等。
